审核部门的不同：上市公司非公开发行股票审核部是发行部，发行股份购买资产是上市部（并购重组委）。
禁止行为不同：上市公司非公开发行股票是上市公司或其现任董事、高级管理人员不存在因涉嫌犯罪正被司法机关立案侦查或涉嫌违法违规正被中国证监会立案调查的情形； 发行股份购买资产上市公司或其现任董事、高级管理人员不存在因涉嫌犯罪正被司法机关立案侦查或涉嫌违法违规正被中国证监会立案调查的情形。但是，涉嫌犯罪或者违法违规的行为已经终止满3年，交易方案有助于消除该行为可能造成的不良后果，且不影响对相关行为人追求责任的除外。
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