加湿器用纯净水太贵时，用户可以选择使用蒸馏水。因为蒸馏水和纯净水一样不含杂质，可以长期使用且不会产生水垢。若没有蒸馏水的话，户可以使用凉白开，只需将自来水煮沸，待凉透后再加入加湿器就可以了,这样的话是比较省钱的。
如果使用的是被污染过的水，或者是自来水，其中的大量的杂质、细菌微生物及氯原子等物质，不仅容易对健康造成不良影响，还容易在加湿器中形成水垢，对机器的使用寿命造成不良影响，因此加湿器对使用的水，有一定的要求。加湿器里的水要一天一换。加湿器里面的水存放时间过长，就会滋生有害物质，而这些有害物质被加湿器释放到空气里，再伴随着人体呼吸进入身体时，就很容易引发呼吸道疾病或过敏反应，因此加湿器的水最好每天进行更换，并且每1-2周，将加湿器的水槽彻底清洁一次，以免其中残余的物质结成水垢。