通过扣缴义务人的申报，是指企业可以使用支付软件获取纳税人填写的特殊扣除信息，使纳税人在获得收款人时享受扣除。“自我申请”是指纳税人可以通过税务APP等方式申请其他收入或特殊扣除。而不是通过公司扣缴义务人，而是在次年3月至6月的年度结算时。
通过扣缴义务人和自行申报哪个好
自我申请主要为综合收入超过6万元的需要退税或纳税人年度汇款提供便利。通常可以选择通过扣缴义务人申请，享受的扣除可以在工资中按月支付。如果公司不愿意从专项扣除信息中知道个人隐私，或者有其他收入，也可以根据实际情况选择自己申请。
简而言之，扣缴义务人的申请可以在获得收款人时享受扣除，而自己的申请更注重个人隐私。纳税人可以根据自己的实际需要进行选择。