新三板的推出，不仅仅是支持高新技术产业的政策落实，或者是三板市场的另一次扩容试验，其更重要的意义在于，它为建立全国统一监管下的场外交易市场实现了积极的探索，并已经取得了一定的经验积累。新三板的交易方式主要有以下三种，最后一种交易方式正在计划推出：
(1) 协议转让
这种交易方式相对比较随意，可以挂单让别人点击成交，也可以预设一个倒手暗号，双方的成交额、暗号、价格必须完全相同，买卖方向相反才能成交。外加不设涨跌幅限制，因而价格变动很剧烈。通常来讲新三板协议转让的流动性较差，绝大部分公司挂板至今没有成交过。
(2) 做市转让
即做市商，做市商实际上类似于批发商，从做市公司处获得库存股，然后当投资者需要买卖股票时，投资者间不直接成交，而是通过做市商作为对手方，只要是在报价区间就有成交义务。因此做市商为新三板提供了流动性，股权相比协议转让来说流动性更好。
(3) 竞价交易
目前还未推出，初步打算和主板、创业板市场使用一样的竞价交易方式，除了一些诸如投资者准入之类的门槛，大体上将会和主板市场差不多，同时我们预期竞价交易的公司将会推出一个专门的交易层次，门槛也会相比上两种更为宽松一些，当然相应地，在竞价交易层次上的公司也会最为优秀。