ETF均跟踪某一个特定的指数，即ETF的“标的指数”。标的指数的选择是影响ETF产品成功的重要因素之一。一般ETF的“标的指数”要求具有知名度、市场代表性、良好的流动性和编制稳定、客观与透明的特点。
指数的选取关系到ETF成功与否，应主要考虑以下方面：
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一.指数的代表性
追踪指数一般以全球、国家、行业、大型股、中型股等表现为标的。在决定ETF的发行目的后，选取的指数应具代表性，能充分反映市场走势。以单一市场指数为例，指数代表性可以几种方式衡量：（a）市值覆盖率，指的是追踪指数的市值占该市场股票总市值的百分比；（b）行业分布权重与整体市场一致；（c）追踪指数与整体市场的相关系数应接近1（即1）。
二.指数成分股的调整频率不宜太高
ETF为了能追踪指数，必须维持投资组合中成分股的权重与指数相一致，若指数成分股调整频率过高，ETF基金经理将不得不随着指数的变动调整投资组合，增加ETF的交易成本，从而造成追踪误差。
三.指数的知名度
一个历史悠久的指数作为标的指数时有很大的优势，反之，一个新的指数需要很长时间来建立市场公信力与认知度。若ETF建立在知名度较差的指数上，其吸引的投资者较为片面，资产规模也较小，市场推广活动相对困难。
例如，恒生指数已广为香港投资者熟悉，建立在它之上的盈富基金也因此得益，极易吸引到广大的投资群族，包括国内外机构及个人投资者。相反，MSCI香港指数较为国际机构投资者所认可，但一般的投资者对MSCI香港指数的价格、成分股及编制方法都不熟悉，因此以MSCI香港指数为标的的iShare香港ETF只能吸引一些国外机构投资者，无论是基金资产规模或成交量都较为逊色。这也是为何追踪当地市场著名指数的ETF一般更具规模及流动性的主要原因之一。
四.透明度
指数的信息应高度透明。
五.客观性
指数的编制方法应尽量客观，才会被投资者认同。
六.指数的类型
纵观全世界成功的ETF，多是以“部分合成”指数为标的。“全市场指数”理论上是最能代表整体股市的表现，但操作上的困难及额外成本往往多于它的优点。“全市场指数”成分股变动较频繁，任何一家公司的重大变化或每次有新公司上市都会影响指数内的个股权重，被动式组合如ETF便要随之而调整，增加交易成本。更重要的是，“全市场指数”包含很多小型兼流动性不足的股票，ETF在追踪这类标的时需采用最优化或抽样化管理方法，因此造成追踪误差。而追踪误差会增加ETF与期货之间的套利风险，直接打击投资人运用ETF套利的意愿。